“千名醫(yī)學(xué)家”，是由美國(guó)哈佛大學(xué)和英國(guó)劍橋大學(xué)等全世界2500名醫(yī)學(xué)教授組成的權(quán)威機(jī)構(gòu)。近日F1000推薦的近期*受關(guān)注的基因組測(cè)序研究如下：

1.砷基生命

2010年，美國(guó)天體生物學(xué)家Felisa Wolfe-Simon及其同事在加利福尼亞州的莫諾湖發(fā)現(xiàn)了一種名為GFAJ-1的獨(dú)特細(xì)菌，能利用砷來(lái)代替磷元素構(gòu)筑生命分子，進(jìn)行一些關(guān)鍵性的生化反應(yīng)。這篇《科學(xué)》（Science）雜志上的論文一經(jīng)發(fā)表，便在科學(xué)界引起了軒然大波。許多的科學(xué)家對(duì)這一“砷基生命”研究持質(zhì)疑態(tài)度。盡管基因組測(cè)序顯示似乎這一細(xì)菌包含的砷耐受基因遠(yuǎn)比Science論文中的要少，但目前還無(wú)法做出定論。尚需要采集更多的數(shù)據(jù)及建模來(lái)對(duì)該細(xì)菌基因組中的其他基因進(jìn)行分類(lèi)研究。

2.帝王蝶

帝王蝶（monarch butterfly）是棲息在北美地區(qū)的一種色彩斑斕、身體碩大的蝴蝶，學(xué)名“黑脈金斑蝶”，俗稱(chēng)帝王蝶。帝王蝶是北美地區(qū)*常見(jiàn)的蝴蝶，也是地球上遷徙性蝴蝶其中。數(shù)以百萬(wàn)計(jì)的帝王蝶每年秋季自加拿大向南飛行5000公里，歷時(shí)兩個(gè)月抵達(dá)墨西部中部的米卻肯州的叢林過(guò)冬。到來(lái)年3月，帝王蝶又會(huì)不遠(yuǎn)萬(wàn)里向北飛回加拿大。整個(gè)一次遷徙過(guò)程往往　　近期研究人員通過(guò)基因組測(cè)序解析了為什么這些蝴蝶能記住遷徙過(guò)程中的時(shí)間和空間——帝王蝶能奇跡般地找到自己的曾祖原先居住的那棵樹(shù)。

文章通訊作者Steven Reppert表示，“通過(guò)對(duì)這種蝴蝶的測(cè)序，我們現(xiàn)在有機(jī)會(huì)了解這種長(zhǎng)途遷徙的遺傳和分子機(jī)制”，研究人員分析了負(fù)責(zé)視圖，生物鐘，方向性飛行的基因，這一基因組也揭示了保幼激素合成所需的一整套基因，研究人員發(fā)現(xiàn)這些激素的變化對(duì)于遷徙蝴蝶關(guān)閉繁殖，以及延長(zhǎng)其壽命達(dá)到9個(gè)月時(shí)間是必需的——一般來(lái)說(shuō)，非遷徙蝴蝶只能存活1個(gè)月。
這些數(shù)據(jù)將有助于加深對(duì)于帝王蝶遷徙的了解，并且遷徙群體和非遷徙群體的遺傳比較分析也將對(duì)于未來(lái)研究遷徙鳥(niǎo)類(lèi)具有重要意義。
S. Zhuan et al., “The monarch butter?y genome yields insights into long-distance migration,” Cell, 147, 1171–1185, November 23, 2011.

3.葉螨

葉螨（Tetranychus urticae）是一種常見(jiàn)的農(nóng)業(yè)害蟲(chóng)，受害作物很多，其中包括玉米、大豆、西紅柿和辣椒，并且對(duì)殺蟲(chóng)劑的抗藥性非常強(qiáng)。它的基因組現(xiàn)已被測(cè)序并得到分析，并將有助于了解這種害蟲(chóng)的荷爾蒙及其吐絲能力的演化。對(duì)以不同植物為食的螨蟲(chóng)所做的轉(zhuǎn)錄組分析，顯示了這種害蟲(chóng)在變化的宿主環(huán)境中是怎樣進(jìn)行自衛(wèi)的，也為有可能付諸實(shí)施的、不采用殺蟲(chóng)劑的植物保護(hù)策略提供了線索。該基因組編碼17個(gè)絲蛋白基因，對(duì)葉螨的絲所做的物理實(shí)驗(yàn)表明，它是一種天然納米材料，其纖維要比吐絲蜘蛛所產(chǎn)的絲細(xì)100倍以上。
M. Grbi? et al., “The genome of Tetranychus urticae reveals herbivorous pest adaptations,” Nature, 2 4 （479）, November, 2011.

4. 耐藥肺炎鏈球菌

Penicillin-resistant strains of Streptococcus pneumoniae have evolved a number of penicillin-binding proteins. But the new genome reveals that those well-known changes may not be the key to resistance. Instead, the wily bacteria have evolved other means of surviving penicillin treatments, including a mutation in an iron metabolizing gene that helps the microbes avoid the toxic build up of reactive oxygen species. The mutation also conferred resistance to an array of other antibiotics.

肺炎鏈球菌存在于人的喉部和鼻子的后部，大約40%的人平時(shí)就攜帶這種病菌，能引發(fā)肺炎、菌血癥和腦膜炎，對(duì)人類(lèi)的健康構(gòu)成了一定的威脅，每年導(dǎo)致300萬(wàn)兒童死亡。更為嚴(yán)重的是，在過(guò)去用青霉素就可以殺死的肺炎鏈球菌，現(xiàn)在抵抗抗生素的能力越來(lái)越強(qiáng)。近年來(lái)肺炎鏈球菌對(duì)抗生素耐藥性呈上升趨勢(shì)，并已出現(xiàn)多重耐藥菌株，是臨床感染控制中非常棘手的難題�？茖W(xué)家則希望通過(guò)對(duì)肺炎鏈球菌的基因測(cè)序，更好地認(rèn)識(shí)這種細(xì)菌并開(kāi)發(fā)出新的抗生素。

在這篇文章中，研究人員對(duì)青霉素耐受肺炎鏈球菌進(jìn)行了全基因組測(cè)序，結(jié)果顯示過(guò)去眾所周知的那些遺傳變異有可能并非是導(dǎo)致抗生素耐受的主要因素，細(xì)菌還利用了一些其他的機(jī)制，例如利用鐵代謝基因突變保護(hù)細(xì)菌免于活性氧簇積聚造成的毒性作用。這一研究發(fā)現(xiàn)為揭示其他的抗生素耐受提供了重要的參考依據(jù)。
F. Fani et al., “Whole genome sequencing of penicillin resistant Streptococcus pneumoniae reveals mutations in penicillin-binding proteins ａnd in a putative iron permease,” Genome Biology, 12:R115, 2011.

5.蛹蟲(chóng)草

能夠感染殺蟲(chóng)的真菌種類(lèi)達(dá)1000多種，主要為子囊菌。其中，綠僵菌（Metarhizium）是一類(lèi)重要的昆蟲(chóng)寄生真菌。它對(duì)寄主侵染過(guò)程包括粘附、孢子萌發(fā)、穿透蟲(chóng)體、體內(nèi)發(fā)育和致死。這一過(guò)程是附著胞、表皮降解酶和破壞菌素等物質(zhì)的生理生化作用的綜合結(jié)果。由于其寄主范圍廣，致病力強(qiáng)，對(duì)人、畜、農(nóng)作物無(wú)毒，無(wú)殘毒、菌劑易生產(chǎn)，持效期長(zhǎng)等優(yōu)點(diǎn)，被開(kāi)發(fā)為環(huán)境友好的真菌殺蟲(chóng)劑。蛹蟲(chóng)草，又稱(chēng)為北蟲(chóng)草、北冬蟲(chóng)夏草，為子囊菌亞門(mén)，亦具有殺蟲(chóng)特性，據(jù)報(bào)道其有良好的醫(yī)藥保健功能。

在這篇文章中，研究人員將蛹蟲(chóng)草和綠僵菌的基因組進(jìn)行了對(duì)比分析。分析結(jié)果表明蛹蟲(chóng)草的出現(xiàn)較綠僵菌早約1.3億年，各自獨(dú)立進(jìn)化而具有殺蟲(chóng)特性，但表現(xiàn)出協(xié)同進(jìn)化的特點(diǎn)：與其他真菌相比，蛋白酶和幾丁質(zhì)酶等用于昆蟲(chóng)體壁降解的蛋白質(zhì)家族表現(xiàn)出明顯的擴(kuò)張現(xiàn)象�；�因組分析表明，蛹蟲(chóng)草基因組大約有16%的編碼基因參與真菌—昆蟲(chóng)的相互作用，不存在編碼對(duì)于人類(lèi)有害的已知真菌毒素。研究首次表明，蛹蟲(chóng)草有性生殖類(lèi)型為異宗配合，但單交配型菌株能夠結(jié)實(shí)。此外，與其他真菌不同，其子實(shí)體發(fā)育主要受MAPK信號(hào)途徑調(diào)控，而非MAPK和PKA共同調(diào)控。

該研究為深入了解蟲(chóng)草活性成分代謝途徑及其有性生殖的分子調(diào)控機(jī)理提供了重要的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
P. Zheng et al., “Genome sequence of the insect pathogenic fungus Cordyceps militaris, a valued traditional Chinese medicine,” Genome Biology, 12:R116, 2011.
“Faculty of 1000 Biology”創(chuàng)辦于2002年1月，是一種在線科研評(píng)價(jià)系統(tǒng)，其推薦原則立足于論文本身的科學(xué)意義而非發(fā)表在什么雜志上。該系統(tǒng)根據(jù)全球2300多名資深科學(xué)家的意見(jiàn)，提供對(duì)近期發(fā)表的生物科學(xué)論文的快速評(píng)論，目的是幫助廣大科研人員遴選和發(fā)現(xiàn)有價(jià)值的研究工作。該機(jī)構(gòu)專(zhuān)家根據(jù)論文對(duì)當(dāng)前世界生物醫(yī)學(xué)和臨床實(shí)踐的貢獻(xiàn)程度和科學(xué)價(jià)值，每年對(duì)全球SCI文章總數(shù)不足千分之二的優(yōu)秀精品醫(yī)學(xué)論文進(jìn)行推薦和點(diǎn)評(píng)，并賦予“F1000論文”稱(chēng)號(hào)向醫(yī)學(xué)界推薦，涵蓋了醫(yī)學(xué)各個(gè)學(xué)科，是一項(xiàng)很高的學(xué)術(shù)榮譽(yù)。

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